观察叶芽，牡丹叶芽因品种不同在形状、颜色等方面均有差异，形态百出，各有特征。大体上有圆锥型、珍珠型、扁圆型、长锥型、鹰咀型等;各形状之间又有大小、鳞片的多少、芽质瘪瘦虚实等差别;颜色也有青绿、黄绿、土红、土黄、银灰、棕褐和不同程度的紫红等色;比如“二乔”的芽尖而圆;“青龙卧墨池”的芽尖带钩，好似鹰嘴;“脂红”的芽为绿色;另外还有花色和混和色，是秋季分辨品种的主要依据。因此，单靠芽的形状、颜色等很难识别牡丹的品种，需靠长期耐心细致的观察，才能掌握每一品种鳞芽的特性。

　　另外要注意的是叶柄，牡丹的叶柄凹处多为暗紫、紫红、灰褐、黄绿等不同颜色，叶柄也有粗细、硬软、长短之分，长者可达40cm，短者不过10cm;叶柄的长短，特别是叶柄和枝条夹角的大小因品种不同差异较大，同时对花的观赏价值影响也较大，叶柄与枝夹角大，叶面平展或下垂，叶也较稀，如“墨魁”，花朵均着生在叶丛之上，形成花美叶秀，相得益彰的观赏价值;相反，叶柄较短，叶柄与枝条夹角较小，因枝叶紧密，花朵常藏在叶丛中，造成“叶里藏花”现象，大大降低了观赏价值。

　　如果有花苞或者已开花，自然可以断定牡丹的品种，花是鉴定牡丹品种最主要的依据，其特征主要集中于花冠。一般可分为：

　　【单瓣型】花瓣1至3轮，宽大，雄雌蕊正常，如‘黄花魁’;

　　【荷花型】花瓣4至5轮，宽大一致，开放时形似荷花，如‘似荷莲’;

　　【菊花型】花瓣多轮，自外向内层层排列逐渐变小，如‘彩云’;

　　【蔷薇型】花瓣自然增多，自外向内明显变小，少部分瓣化，如‘大棕紫’;

　　【托桂型】外瓣明显，宽大且平展，雄蕊瓣化，自外向内变细而稍隆起，呈半球型，如‘大胡红’;

　　【金环型】外瓣突出且宽大，中瓣狭长竖直，呈金环型，如‘姚黄’;

　　【皇冠型】外瓣突出，中瓣越离花心越宽大，型如皇冠，如‘赵粉’;

　　【绣球型】雄蕊完全瓣化，排列紧凑，呈球型，如‘赤龙换彩’;

　　【楼子台阁型】由2朵或2朵以上楼子类单花上下重叠而成，如‘玉楼点翠’。

　　【千层台阁型】下方花瓣4轮以上，花瓣排列整齐，形状近似，瓣间不杂有雄蕊和退化的雄蕊。雄蕊正常而量少，或偶有瓣化，雌蕊退化变小或瓣化;上方花瓣量少，平展或直立，雄蕊量少而变小，雌蕊退化变小或瓣化。此类花型以“菱花湛露”、“脂红”、“寿星红”等品种为代表。

　　还可以通过花色以及花香上对牡丹进行挑选，牡丹可分红、黄、绿、黑、白、紫、蓝、粉、复色九大色系，在每个色系里又分很多品种，这是最容易分别的。如‘胡红’一看就知道是红色，‘昆山夜光’是白色，‘黑花魁’是黑色，‘花二乔’和‘岛锦’有两种颜色，故为复色。关于花香，一般单瓣或层次少的香味浓，白色牡丹多香，紫色更重，黄蓝清香。

　　如果有条件，可以对牡丹根部进行观察， 牡丹根系发达，具有多数深根形的肉质主根和侧根。初生根始为白色，渐变为黄色至褐色，肉质白色，个别红色，肉质中心木质化，俗称“木心”。肉质部储有大量养份和水份供植株生长，一般来说，根深的植株枝叶茂盛，植株较高，根浅则枝短株型矮。

　　牡丹因品种不同，其根型、数量也不一致，但大体上可分为三类：

　　【直根型】：此类型的根深(四年生的牡丹根可入土80厘米以上)，但根条稀疏，没有明显的主根，仅有几十条粗细均匀的粗“面条根”，根光滑、皮百，根上极少分生小根，根(加工后称“丹皮”)产量高，质量好。如“凤丹”、“赵粉”、“二乔”、“墨魁”等。这类牡丹多为药用兼观赏两用品种。

　　【坡根型】：此类根条粗细长短不一，分生侧根较多，交叉生长，俗称“鸡爪根”，多数入土较浅，斜坡角度大。如“青山贯雪”、“白玉”、“黄花葵”等品种，此类牡丹产丹皮质量、产量低于直根型，不适于药用栽培。

　　【中间型】：此类根条稀密适中，无明显主根，生有多数粗细均称、根皮光滑的“面条根”，平均入土深度在70-80cm，如“种生黑”、“姚黄”等，既可观赏，又可药用。